Научно-исследовательская деятельность Университета при МПА ЕврАзЭС осуществляется всеми подразделениями вуза.
Широта исследовательской работы обусловила создание в 2019 году вместо научно-исследовательского отдела особого подразделения Университета ― научно-исследовательского Института евро-азиатских исследований. Его окончательное оформление задержалось вследствие пандемии коронавирусной инфекции. На сегодняшний день в его состав входят: четыре международных научно-образовательных центра (МНОЦ) и две научно-исследовательские лаборатории (НИЛ): Центр евразийской интеграции, Казахстанско-Российский центр правовых исследований, Центр продовольственной безопасности государств Евразии, Центр экспериментального евразийского образования, Центр традиционной культуры евро-азиатских народов; научно-исследовательская лаборатория нанобиотехнологий и научно-исследовательская лаборатория наноэлектроники.
Центры и лаборатории ведут прикладные и фундаментальные научные исследования. Их научный поиск носит международный и инновационный характер. Применение результатов научных проектов НИЛ планируется использовать в таких отраслях современной промышленности, как: нефтегазовая отрасль, сельское хозяйство, переработка производственных, химических и бытовых отходов посредством экологически чистых методик; микроэлектронная промышленность, современное профилактическое и практическое здравоохранение стран-участниц ЕАЭС, альтернативная энергетика, гибридная система автономного энергоснабжения, беспроводная передача электричества и данных, иные экстремальные и неотложные нужды евразийских государств. Разработка новых наноматериалов на основе кремния и A3B5 полупроводниковых соединений, создание принципиально новых квантовых нанотехнологий и развитие радиофотоники являются в настоящее время самыми передовыми направлениями в науке, востребованных практически во всех сферах жизнедеятельности государств Большой Евразии.